Cuối năm 2012, nhiều ý kiến của đảng viên, tổ chức đảng, nhiều báo phản ánh về sai phạm của cá nhân Hiệu trưởng Hoàng Văn Châu và Phó Hiệu trưởng Đào Thị Thu Giang trong quản lý tài chính, đầu tư cơ sở vật chất, đào tạo và sự mất đoàn kết trong nội bộ Ban giám hiệu. Năm 2013, thực hiện chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã thành lập đoàn thanh tra và Thanh tra Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành Kết luận thanh tra số 548/KL-TTr ngày 16/7/2013. Từ tháng 7 đến tháng 10/2013, Bộ Giáo dục và Đào tạo tổ chức kiểm điểm sau thanh tra. Năm 2014, Uỷ ban Kiểm tra Thành uỷ Hà Nội tiến hành kiểm tra dấu hiệu vi phạm đối với Đảng uỷ Đại học Ngoại thương, ông Hoàng Văn Châu, bà Đào Thị Thu Giang và đã có văn bản Kết luận số 109-KL/UBKTTU ngày 10/6/2015. Từ tháng 6/2015, Đại học Ngoại thương thực hiện kiểm điểm theo Kết luận số 109. Cơ quan thanh tra khẳng định việc để ngoài sổ sách 197.200 USD thu từ Chương trình liên kết đào tạo với Trung Quốc từ 9/2006 đến tháng 5/2013 đã là vi phạm quy định tại Khoản 3 Điều 7 Luật Kế toán và Khoản 1 Điều 72 Luật Ngân sách nhà nước.[4][5][6][7][8]
Sai phạm thu chi tài chính
Giai đoạn 2005-2015, Đại học Ngoại thương đã có nhiều vi phạm quy định trong quản lý đào tạo, quản lý mua sắm, đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, quản lý tài chính và công tác cán bộ.[9][10] Kết luận thanh tra cho biết, về nguyên tắc, khoản thu học phí cao hơn quy định năm học 2006-2007 và khoản thu học phí cao hơn quy định năm học 2006-2007 và khoản thu hỗ trợ đào tạo từ năm học 2007-2013 số tiền gần 2,9 tỷ đồng trái với quy định và khoản thu tiền phạt chậm nộp học phí trái thẩm quyền chưa trả lại cho người nộp số tiền gần 1,4 tỷ đồng phải trả lại người nộp. [11][12][13]
Năm học 2006-2007, Đại học Ngoại thương quy định và thực hiện thu mức thu học phí cao hơn quy định của Nhà nước; các năm từ năm học (2007-2008) đến năm học (2012-2013), Đại học Ngoại thương đều quy định thu thêm khoản “hỗ trợ đào tạo” đối với những học viên không phải là cán bộ, viên chức đi học. Tổng số tiền đã thu sai quy định của 2 khoản trên là 2.858.785.000 đồng.[14][15]
Năm 2009 đến 4/2012, Khoa SĐH đã tổ chức thu, chi tiền ôn thi cao học là trái Quy chế chi tiêu nội bộ của nhà trường; sử dụng thẻ học viên để thu tiền là vi phạm về “Mẫu chứng từ kế toán bắt buộc...”; để ngoài sổ kế toán hơn 1,5 tỷ đồng. Bên cạnh đó, nhà trường còn cho phép khoa SĐH thu tiền, không hướng dẫn, không kiểm tra, chỉ thu khoản nghĩa vụ đóng góp của Khoa cho nhà trường hàng năm.[12]
Đại học Ngoại thương Hà Nội còn tự ý ban hành quyết định phạt đối với những học viên chậm nộp tiền học phí, số tiền hơn 1,3 tỷ đồng thu từ hơn 2.400 học viên đến này vẫn chưa được nộp lại.[12]
Sai phạm trong công tác quy hoạch, bổ nhiệm cán bộ
Từ năm 2005 - 2015, Đại học Ngoại thương không có quy hoạch đối với chức danh Hiệu trưởng, Phó hiệu trưởng, là chưa thực hiện quy định của Đảng về quy hoạch cán bộ. Trách nhiệm thuộc về Bí thư, Hiệu trưởng, Đảng ủy Đại học Ngoại thương giai đoạn 2005-2015 và Ban Cán sự Đảng (Bộ Giáo dục và Đào tạo) từ 2005-2015. [14]
Liên kết đào tạo sai quy định
Năm 2007, Đại học Ngoại thương Hà Nội ký 3 hợp đồng liên kết đào tạo đại học tại chức với Handico, trong khi Handico không có chức năng đào tạo là trái với Điều 45, Điều 46, Luật Giáo dục 2005 quy định về vừa học, vừa làm, ngoài ra Đại học Ngoại thương Hà Nội còn thỏa thuận giao cho Handico quản lý lớp học, thu học phí, cử cán bộ tham gia giảng dạy và có thể mời giáo viên giảng dạy các môn khi có sự đồng ý của nhà trường là không đúng quy định tại Điều 58 Luật Giáo dục 2005.[12]
